Você pode usar os dois, mas, nesse caso, seu debian/rules
usará exclusivamente substituições:
#!/usr/bin/make -f
%:
dh $@ --with=python3
override_dh_auto_build:
make universe-explode-in-delight
cd python_src && python3 setup.py build
override_dh_auto_test:
cd python_src && python3 setup.py test
override_dh_auto_install:
cd python_src && python3 setup.py install \
--force --root=$(CURDIR)/debian/tmp \
--no-compile -O0 --install-layout=deb
make install_non_python_stuff
override_dh_auto_clean:
cd python_src && python3 setup.py clean
Veja: link