Desde que o seu sistema esteja configurado para inicializar a partir do seu SSD, você deve estar bem.
Em nosso domínio, fazemos isso o tempo todo: sempre que substituímos ou atualizamos um sistema operacional, movemos o disco rígido antigo para uma porta secundária SATA dentro da área de trabalho. Dentro da nova unidade de sistema operacional, criamos um atalho no Public Desktop que aponta para a pasta Users no disco rígido antigo, para que os usuários finais possam acessar facilmente seus arquivos e pastas pessoais acumulados.
O resultado é que não deve ser um problema.