Quando você insere dois discos rígidos em seu sistema, o Windows os lê como múltiplas partições (algumas partições são de 1º disco rígido e outras são de 2º)
Uma partição armazena as informações sobre o registro de inicialização. Acontece às vezes que, quando você instala o Windows em uma partição diferente (digamos D), a informação de inicialização (a pasta de inicialização oculta, etc) ainda permanece nas partições anteriores (digamos C).
Quando você está tentando instalar o sistema operacional em sua segunda partição do disco rígido, o sistema pode instalar o sistema operacional nele, mas o registro de inicialização deve ser mantido na partição de inicialização atual (que é uma partição na unidade principal). É por isso que está causando um erro, porque se de alguma forma você instalar o SO no secundário, você não poderá inicializá-lo independentemente (sem esse disco rígido principal) porque as informações de inicialização estão na partição do disco rígido principal.
Como corrigir isso?:
- Você não precisa trocar os discos rígidos primários e secundários, basta abrir o painel da CPU e desconectar o disco rígido principal (do cabo SATA).
- Em seguida, o disco rígido secundário inicializará como primário, agora, instale o sistema operacional no disco rígido secundário normalmente.
- Em seguida, conecte novamente seu disco rígido principal.
Nota: Ainda a partição de inicialização do disco rígido principal não está ciente do seu sistema operacional do disco rígido secundário. (Mas você criou um registro de inicialização próprio, para que pudesse ser executado independentemente quando usado em outro sistema ou no sistema atual sem disco rígido principal)
Para criar uma entrada de boot para o disco rígido secundário no seu menu de inicialização do disco rígido principal, você pode seguir o processo mencionado aqui link