O que você está falando geralmente é chamado de ponto de sinalização. Esses marcadores são salvos em uma "folha de sugestões", que é um arquivo separado que os contém. Essas folhas de sinalização são reconhecidas por vários players de áudio.
Você não menciona o formato que deseja adicionar às posições dos marcadores - e o único formato que conheço que os inclui são os arquivos do livro de áudio do iTunes. Eles os chamam de "marcadores de índice" e não sei de nenhuma ferramenta disponível que os suporte.