Para ter 100% de certeza de que seu instantâneo vai ficar bem, o "ideal" deve ser feito com a máquina offline. Como sabemos, essa situação nem sempre é possível, porque dependendo da máquina pode ser uma máquina de produção que não pode ser interrompida.
Depende do software que você está executando. Tente fazê-lo quando houver a menor atividade possível. Você conhece o software que está executando, os usuários simultâneos, o tráfego da rede, a atividade, etc.
Se é um sistema "normal", quero dizer como "normal" um servidor que não faz parte de um cluster, sem DC, sem banco de dados com replicação, etc ... não deve haver um problema, mesmo fazendo o instantâneo com a máquina online.
Cuidado se você reverter para um instantâneo de sistemas que tem replicação como servidores do Active Directory ... que geralmente criam problemas de sincronização e seu banco de dados do AD pode estar com problemas.
EDIT Quando eu respondi, não havia dados sobre o tipo de servidor e qual software está sendo executado.