A fusão do PDF no PDFsam mantém o contorno (marcadores) em ordem, se é isso que você quer dizer com o ToC. Se você estiver falando sobre um resumo no início do documento com links clicáveis, isso também deve estar funcionando após a mesclagem. Eu sugiro que você abra um problema aqui anexando os arquivos e vamos dar uma olhada e consertá-lo se for um problema com o PDFsam .