O JabRef é um software de gerenciamento de referência que usa o BibTeX como seu formato nativo. O JabRef fornece uma interface fácil de usar para editar arquivos do BibTeX, para importar dados de bancos de dados científicos on-line e para gerenciar e pesquisar arquivos do BibTeX.
Não tenho ideia do motivo pelo qual está escrevendo para o arquivo. No entanto, este comamnd:
find . -type d -name .svn -prune -o -cmin -0.083 -type f -print
encontrará todos os arquivos modificados nos últimos 5 segundos. Tente executar isso para ver o que está mudando?
(Os arquivos de cache do navegador aparecem lá, portanto, não use nenhum outro aplicativo antes de executá-lo).