O comando :hi adiciona ao conjunto de atributos já associados ao grupo especificado. Por padrão, o grupo IncSearch inclui gui=reverse . Portanto, quando você especificou guifg=black e guibg=yellow , o Vim os inverteu para tornar o primeiro plano amarelo e o preto de fundo. Para corrigir isso, você pode adicionar gui=NONE às especificações do seu grupo de destaque, por exemplo,
:hi Search gui=NONE guifg=black guibg=yellow
:hi IncSearch gui=NONE guifg=black guibg=yellow