Sem mais detalhes sobre o hardware, e você mencionou que os conjuntos de dados são grandes, provavelmente veria os maiores benefícios:
1) SSD (Solid State Drive), se você ainda não tiver um. Isso reduz drasticamente os tempos de leitura / gravação no disco, incluindo a troca para o arquivo de paginação. Se você não sabe como fazê-lo, uma loja de tecnologia ou Geek Squad deve ser capaz de espelhar sua unidade antiga no novo SSD.
2) Mais RAM. Novamente, com grandes conjuntos de dados, quanto mais puderem ser carregados na memória, menos troca para o disco que é necessário.
Se você ainda optar por um novo desktop, eu ainda recomendo um SSD e pelo menos 16 GB de RAM (32 GB seria melhor).