As animações não devem ser um problema que vai do Mac para o Windows PPT, desde que a versão do Windows seja igual ou superior à versão para Mac do PPT. Quando se trata de animação, a versão do Windows é mais capaz (geralmente, pode criar efeitos que a versão Mac só pode reproduzir).
Fontes seria minha maior preocupação. Se você usar um que não esteja disponível no sistema Windows, outra fonte será substituída. Isso pode ser quase indetectável ou pode jogar totalmente suas formatações / quebras de linha. Fique com as fontes fornecidas com o Office. Um par de links para ajudar com isso:
Vídeos. Sempre um problema, essas coisas. Se fosse o meu projeto, eu os inseriria no Mac, encontraria um computador com o Windows + PPT 2010 ou superior, instalaria o QuickTime se os filmes não fossem reproduzidos imediatamente, então nós PowerPoint's File | Info | Otimize o recurso Compatibilidade para converter os arquivos de mídia em um formato que seja universalmente compatível com o Windows. (Nota: você não verá este recurso até que pelo menos um arquivo de mídia tenha sido inserido).