Você o inseriria depois do dimensionamento, mas antes dos filtros da paleta.
ffmpeg -y -ss 30 -t 3 -i input.flv \
-vf fps=10,scale=320:-1:flags=lanczos,drawtext="fontfile=/path/to/font.ttf: \
text='Stack Overflow': fontcolor=black: x=160: y=-1",palettegen palette.png
ffmpeg -ss 30 -t 3 -i input.flv -i palette.png -filter_complex \
"fps=10,scale=320:-1:flags=lanczos,drawtext="fontfile=/path/to/font.ttf: \
text='Stack Overflow': fontcolor=black: x=160: y=-1"[x];[x][1:v]paletteuse" output.gif