Não tenho certeza se você pode usar o bash puro para criptografar. Tenho certeza de que é possível, mas posso oferecer outra solução para você.
Solução de bash:
openssl enc -nosalt -aes-128-cbc -in test -out test.enc -p
Encontrei isso em estouro de pilha aqui
Solução Python:
Em vez de tentar tropeçar no bash, procurando uma maneira de criptografar, você já tentou ver o Python? Uma linguagem nativa do Linux, que suporta criptografia e muitas outras coisas.
Então, em python, para fazer o que você está procurando fazer.
apt-get install python-pip
pip install pyCrypto
Então, a partir daí, há algumas coisas que você vai querer olhar.
Criptografia AES em Python
Você também vai querer olhar para a função "Walk" do módulo "OS".
Exemplo de caminhada do sistema operacional
E, finalmente, para que você possa acessar facilmente seus arquivos com uma senha simples de sua escolha
#!/bin/python
# Python 2 example
from Crypto.Hash import MD5
secret = MD5.new(raw_input('Password: ')).hexdigest()
Em seguida, basta criptografar com o segredo todos os arquivos, se desejar, e a chave será a mesma para cada arquivo.