gedit é um editor gráfico. Todos os aplicativos gráficos precisam de uma variável de ambiente chamada $DISPLAY .
Se você estiver executando a sessão gráfica, inicie gedit da seguinte forma:
user@host:~# DISPLAY=:0 gedit config/database.yml
Caso você não tenha acesso a uma sessão gráfica, tente
user@host:~# nano config/database.yml