Tenho certeza que você já sabe, mas para uma resposta completa, você pode fazer isso usando o regex e a caixa de diálogo Localizar e substituir.
Localizar: .{3}\s(.{3})
Substituir por: \'$1\'
Modo de pesquisa: expressão regular
.{3}\s
Corresponde a 3 caracteres, em seguida, um espaço (.{3})
corresponde aos três caracteres e capturas seguintes como um grupo.
\'$1\'
Substitui o texto que foi encontrado na declaração acima pelo grupo que capturamos adicionando aspas em torno dele. Deixando quaisquer vírgulas como eram originalmente.
Com o regex, existem várias maneiras de fazer isso, isso é apenas um exemplo.
Editar:
Do seu comentário, acredito que você queria o primeiro item do primeiro grupo e o segundo item dos três grupos a seguir.
O regex para isso seria:
Localizar: (.{3})\s.{3},.{3}\s(.{3}),.{3}\s(.{3}),.{3}\s(.{3})
Substituir por: \'$1\',\'$2\',\'$3\',\'$4\',
Se você quiser obter o primeiro grupo como o seu exemplo, leia agora. Use o seguinte regex:
Localizar: (.{3})\s(.{3})
Substituir: \'$1\'
e, finalmente, para adicionar vírgulas ao final de cada linha, use:
Localizar: $
Substituir: ,