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Se você estiver usando o Ubuntu com o Gnome, poderá modificar o atalho de teclado atribuído à troca de janelas na área de trabalho do lado do servidor VNC.
Você tem que usar o painel de controle de atalhos de teclado.
Navegue por Sistema e depois em Preferências e depois em Atalho de teclado .
Na janela Atalho de Teclado, procure Mover Entre Janelas, Usando uma janela pop-up .
Altere-o para algo que não seja um atalho no seu Windows ou no servidor VNC.