1) As unidades no Mac OS X são rastreadas e mencionadas no sistema operacional pelo UUID (você pode encontrar essas informações no Utilitário de Disco selecionando a unidade no lado esquerdo e pressionando Cmd + I para obter informações)
2) mexer com hard links é uma má ideia - Time Machine já é uma espécie de castelo de cartas.
3) o que eu recomendaria seria o seguinte, que levará algum tempo, mas preservará sua sanidade e a santidade dos arquivos em questão:
- permite que o Time Machine conclua um backup dos novos dados, mesmo que ele duplique os dados
- adicione seu 4 TB externo à lista de exclusão em Preferências do sistema - > Máquina do Tempo - > Botão Opções
- com a unidade original conectada, "Insira o Time Machine" no ícone da barra de menus Time Machine e selecione a unidade em questão (Certifique-se de selecionar a unidade de nível superior na seção "Computador" do Finder [Cmd + Shift + C com o Finder ativo])
- usando o menu de ação (o ícone de engrenagem na barra de ferramentas do Finder), selecione "Excluir todos os backups de ..." para remover todos os backups da unidade de 4 TB e liberar espaço
- mais informações aqui: link