A razão para isso é um belo recurso chamado "Detectar automaticamente o layout do teclado remoto" e isso mudará seu layout na sessão do RDP.
Consegui remover os layouts indesejados criando um IgnoreRemoteKeyboardLayout
DWORD
em HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout
e definindo-o como 1.
Como você remover automaticamente os layouts de teclado?