As configurações da opção de pasta estão nesta parte do registro.
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder
Inicie o Regedit.exe e vá para:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden
(Certifique-se de fazer backup da chave antes de limpá-la.)
Clique com o botão direito do mouse em Hidden
e escolha Excluir.
Isso remove Show hidden files, folders, and drives
das opções de pasta - guia Exibir.