- Clique com o botão direito no seu atalho
- Abrir as propriedades
- Abra a guia "Atalho"
- Altere o campo "Iniciar em" para a pasta que contém o seu arquivo de lote.
Por padrão, o padrão é a pasta onde o próprio atalho está. Dessa forma, o atalho se comporta exatamente como um arquivo executável, ou seja, seu diretório de trabalho atual na inicialização é aquele em que está localizado.
BTW, meu Windows está localizado para que os nomes reais das coisas que você precisa clicar e alterar sejam diferentes (especialmente o campo "Iniciar em").