A sua pergunta não é específica, por isso só posso dar uma resposta geral.
A maioria, se não todos, microcontroladores usados nesses SBC (Single Board Computers) podem entrar no modo de baixa energia. Eles mudam para uma velocidade de clock muito menor e isso causa a redução na potência.
Eles acordam periodicamente por um curto período de tempo para verificar suas entradas ou eventos externos que podem levá-los ao modo de energia total. Eventos externos podem ser um botão pressionado ou receber algo em um canal de comunicação.
Nós, por exemplo, fazemos módulos que são usados em cadeiras de rodas elétricas (usando microcontroladores ARM) que podem despertar devido à atividade no barramento CAN. Desta forma, um módulo pode acordar toda a rede.
Se você deseja obter algo semelhante, terá que procurar suporte no modo de baixo consumo no ambiente de desenvolvimento que está usando.