A sincronização do Bitorrent é estranha em um bom caminho. É auto-suficiente - você precisa copiar o diretório .sync hidden no mesmo diretório em que está executando o btsync e as coisas devem funcionar bem.
Dito isto, se você o estiver executando a partir de sua pasta pessoal, fazer o backup e restaurar seu / home ou simplesmente fazer uma atualização de versão deve ser suficiente.