Eles estão armazenados em ~/Library/Preferences/.GlobalPreferences.plist no seguinte formato:
NSUserKeyEquivalents = {
"System Preferences…" = "@~,";
};
Metodologia: execute sudo opensnoop | grep '.plist' para ver os arquivos plist acessados enquanto modifica as configurações nas Preferências do Sistema. (Nota: no El Capitan, o SIP impede a execução de opensnoop por padrão. ser ativado ativando dtrace .)