Como você está basicamente fazendo backups no estilo "write-once", você pode pular um sistema de arquivos regular e usar compactação, um arquivo grande ou um sistema de arquivos compactado como o squashfs
SquashFS HOWTO - 4. Criando e usando sistemas de arquivos squashed
In order to create a squashed file system out of a single directory (say, /some/dir), and output it to a regular file (thus, producing a file system image), you need to say only one magic phrase:
bash# mksquashfs /some/dir dir.sqsh
Ele também pode usar alguns algoritmos de compactação diferentes, o gzip é muito rápido & super para texto, enquanto xz é mais lento mas comprime muito bem. De man mksquashfs
:
-comp COMPRESSION
select COMPRESSION compression. Compressors available: gzip (default), lzo, xz.
Você pode até usar unionfs (ou overlayfs) para torná-lo "gravável" - veja o link HOWTO do SquashFS acima.