As permissões de arquivo são centradas no sistema operacional, portanto, as permissões definidas por um sistema operacional podem ser ignoradas e / ou substituídas por outros sistemas operacionais.
Portanto, para responder diretamente à sua pergunta - sem implementar a criptografia de todos os discos, você não pode pará-la.
O fornecimento de um guia passo-a-passo sobre como implementar a criptografia de disco está além do escopo do formato Q & A da SU. Olhe para o Bitlocker e afins.