Em primeiro lugar, você não pode instalar o Windows em uma partição formatada para ext4 - você precisará do NTFS ou Fat32 para uma instalação do Windows.
Em segundo lugar, você pode formatar apenas uma de suas partições para NTFS ou Fat32 e, em seguida, instalar o Windows nesta partição (o NTFS é melhor para versões mais recentes do Windows). Seria bom excluir as partições que não sejam aquela com seu sistema de arquivos, mas lembre-se de formatar a nova partição estendida para NTFS antes de instalar o Windows.
Lembre-se de que você não poderá visualizar seus arquivos linux do Windows, pois as janelas não poderão ler o ext4.
Edit: Eu concordo com o Zoredache acima; faça um backup completo antes de fazer qualquer coisa.