Você quer dizer que a inicialização limpa pode funcionar bem sem nenhum problema? Em caso afirmativo, isso pode ser causado por conflitos de 3ª parte.
Você pode determinar qual deles pode ser a causa usando dicotomia no MSconfig. Verificando a metade do serviço que não é da Microsoft e reinicie, determinando qual metade dos serviços causa o problema e repetindo para verificar metade dos serviços com metade do problema.
Detalhes sobre solução de problemas usando inicialização limpa, consulte este link:
Como realizar uma inicialização limpa