Em vez de usar o rsync, por que não usar o software raid e espelhar as duas unidades? Esse mecanismo garantirá que, no caso de uma falha de unidade, o sistema permaneça funcional. Se o seu servidor tiver um chassi hot swap, a substituição da unidade não exigirá tempo de inatividade na máquina. A invasão de software do Linux emprega a reconstrução de matriz em segundo plano usando recursos do sistema ociosos para copiar os dados de volta para o disco recém-adicionado. Há um artigo aqui sobre como fazer isso em um sistema em execução