Não acredite que o FFmpeg suporte o MP3 Surround, portanto, para AAC e AC3, use
ffmpeg -i input.mkv -map 0 -c copy -c:a aac output.mkv
ffmpeg -i input.mkv -map 0 -c copy -c:a ac3 output.mkv
Para fazer downmix em estéreo, insira -ac 2
, ou seja, para MP3 estéreo
ffmpeg -i input.mkv -map 0 -c copy -c:a libmp3lame -ac 2 output.mkv
você pode inserir -b:a N
para especificar a taxa de bits de áudio em que N está em bits, ou seja, 128000
ou 128k