Como mencionado nos comentários, a maioria dos populares clientes de e-mail já faz isso .
Embora eu não recomende o Outlook, como ele deforma um pouco os cabeçalhos - o Thunderbird funciona melhor nesse sentido. (Você pode até mesmo arrastar e soltar uma mensagem do Thunderbird para a sua área de trabalho e armazená-la como um arquivo normal.)
No Linux, você também pode usar Claws, mutt , OfflineIMAP ou qualquer uma das dezenas de clientes IMAP.