Eu enfrentei o mesmo problema, mas no Ubuntu 14.04. Na verdade, gostei desse recurso, mas desde que mudei para o Opera em vez do Chrome, encontrei um bug irritante, impossibilitando-me de percorrer sites, cada vez que o cursor se escondia.
De qualquer forma, a minha solução foi simplesmente remover unclutter
package.
sudo apt-get remove unclutter
Se isso não ajudar, certifique-se de que unclutter
esteja realmente parado.
ps -A | grep unclutter
Ou simplesmente execute sudo pkill -9 unclutter
.
Espero que isso ajude você, mas acredito que você já encontrou a solução após 9 meses: ')