Usar set noswapfile
no seu arquivo vimrc ou arquivos (ou :set noswapfile
caso contrário) tem alguns efeitos colaterais talvez não desejados, mas faz o truque do lado do vim.
Eu não sei sobre o byobu, mas se você puder personalizá-lo para enviar o sinal de saída 3 ( kill -3 vimprocess
) para todos os seus processos de vim, isso funcionará.
EDIT: O plugin tmux no link fará o que você quiser (e mais: veja o script safekill.sh para customização), sem as desvantagens de set noswapfile
.