Isso está acontecendo porque o módulo radeon
está controlando o dispositivo antes do pci-stub, então você precisa reverter a ordem de carregamento.
Lista negra do módulo radeon
:
$ echo blacklist radeon | sudo tee -a /etc/modprobe.d/blacklist.conf
E adicione o módulo ao initramfs:
$ echo radeon | sudo tee -a /etc/initramfs-tools/modules
$ sudo update-initramfs -u
Depois, reinicie. Problema resolvido!