Na minha experiência, na maioria das vezes, os cabos / conectores SATA foram a razão para a má qualidade do sinal e os modos UDMA mais lentos. Eu tive que colocar o disco rígido no meu laptop ASUS no segundo slot porque diminuiu a velocidade após 3 anos de uso - agora ele está rápido o suficiente novamente.
O dmesg deve indicar qualquer coisa sobre o tempo limite ### do UDMA e sobre a mudança para um modo mais lento. Se não houver mensagens sobre timeouts (e "estrangulou" os modos UDMA depois), seus cabos devem estar ok. Você pode tentar impor um modo específico em uma porta (SATA-) específica, fornecendo uma opção adicional ao kernel durante a inicialização.