Existem várias possibilidades de como esta situação pode ser tratada.
Pelo que entendi, temos uma repetição das mesmas páginas, que são disponibilizadas para o usuário final, e não uma recombinação de formulários individuais.
Neste caso, você pode usar Modelos de Página, onde você marca as páginas que podem ocorrer mais de uma vez como um Modelo. Em seguida, você gera essas páginas de modelo com a opção de renomeação de campo ativada. Isso adicionará um prefixo aos nomes de campo em uma determinada página gerada, tornando-os exclusivos. Se você tiver informações "comuns", poderá preencher antes da geração e deixar os campos individuais em branco.
Esta é, portanto, a abordagem de preparação.
Se você já tiver preenchido formulários e quiser recombinar-los (mas não tiver mais os campos editáveis, você poderá nivelar os documentos e, em seguida, recombinar-se.
Por fim, se você quiser fazer um preenchimento em massa, poderá usar um arquivo FDF especialmente criado contendo os dados e trabalhando com as páginas Modelo (isso, no entanto, criaria arquivos individuais, que não teriam nomes de campo exclusivos) .
FWIW, "refrying" (enviar um PDF por meio de um driver de impressora PostScript e recriar o PDF usando o Distiller) é algo que você só deve fazer quando realmente souber o que está fazendo.