Pode ser que a tabela ou o sistema de arquivos esteja corrompido, mas os arquivos em si estão OK. Isso pode ser causado por falha de hardware ou por alguma outra causa de corrupção - fonte externa de magnetismo, uma falha da câmera, etc. Eu hesitaria em fazer qualquer reparo no disco antes de recuperar arquivos, pois ele poderia corromper permanentemente ou perder mais dados. Após a recuperação, você poderá reparticionar o cartão novamente e continuar a usá-lo, correndo o risco de outra falha.
Eu tentaria usar um programa de recuperação de arquivos como photorec / testdisk, recuva ou similar. Quanto mais importantes os arquivos, mais cuidado você terá para salvaguardar contra perdas adicionais. Se possível, faça uma cópia em nível de bloco da unidade e execute a recuperação na cópia.