Você não pode fazer isso com fdupes. Mas você pode usar fdupes para encontrar as duplas e remover a primeira delas assim:
fdupes -rn .|awk 'BEGIN{first=1} (first){print;first=0} /^$/{first=1}'
Isto irá imprimir todos os primeiros arquivos encontrados pelo fdupes, que você pode excluir com:
command | while read file
do
rm "$file"
done
Não testado, cuidado!