Não, não é garantido que o arquivo estaria vazio se houver um erro. Se houver um erro no meio do download, o que foi baixado antes desse momento estará no arquivo de saída.
Apenas no caso de receber um erro no protocolo HTTP, o arquivo estará vazio.
Eu fiz até um teste baixando um arquivo e parando o servidor HTTP no meio.
dd [ <=> ] 1.01K --.-KB/s in 0s
2015-12-14 12:53:40 (9.69 MB/s) - Read error at byte 1038 (Success).Retrying.
Então o wget tentará novamente, mas se não der certo, um arquivo parcial será gravado.