Sim, ainda funcionará. Os ventiladores de 3 pinos são controle de tensão (áspero), enquanto 4 pinos são PWM Control (Fine), como você está emitindo voltagem variável, em seguida, indo para 4 pinos que você não usa e somente conectando os mesmos três se ele tiver todos os 3 pinos.
Eles podem rodar um pouco mais devagar que a velocidade nominal devido ao fato de haver dois em um cabeçalho, mas o controle normal (como em seu BIOS) deve funcionar bem.