Você verificou seus arquivos de log? Às vezes, aplicativos em execução no modo de depuração podem gravar arquivos de log enormes que ocupam todo o espaço.
Faça sudo du -sh *. em sua raiz para descobrir o diretório de utilização FS e postá-lo aqui, se puder.
Outra coisa que acontece às vezes quando você tem montagens no NFS é que alguns arquivos abertos foram excluídos com força e os órfãos começam a ficar enormes e enormes até ocupar todo o espaço em pouco tempo.