Eu não acho que haja uma resposta adequada para isso. O 2008 R2 teve seu service pack mais recente há quatro anos. O Windows Update é notoriamente ineficiente. Limpar a pasta de atualizações pode torná-lo um pouco mais rápido:
1) verifique se o KB2852386 está instalado. Caso contrário, faça o download aqui: link
2) ative a Experiência de área de trabalho por meio do Assistente para adicionar recursos - > requer reinicialização!
3) execute o Windows Cleanup e selecione Limpeza do Windows Update
Eu tentei estes passos e eles se barbearam algum tempo, mas ainda é lento. erver 2012 é muito mais rápido na minha experiência.