Você leu o tutorial? link
Alt é!, Então Alt + e é !e
então tudo que você precisa fazer é pegar o exemplo e chegar ao que você quer:
!e::Send é
Edit: então você queria uma "tecla de atalho de duas teclas" - você poderia usar o comando Input da seguinte forma:
$!e::
Input, OutputVar, T1 L1 ; this waits for a single key press and you can use if ... else for each key *
if (OutputVar = "e")
Send é
else if (OutputVar = "i")
Send í
Return
$!n::
Input, OutputVar, T1 L1
if (OutputVar = "n")
Send ñ
Return
(*) Note que existem técnicas mais sofisticadas, mas usando um array associativo, por exemplo, mas o acima é bastante simples e fácil de entender.