A única conclusão lógica é que o seu método de visualizar os arquivos não está correto. Talvez existam arquivos ocultos ou você tenha arquivos em sua lixeira.
Para ter certeza, baixe uma ferramenta que mostrará onde os arquivos ocupam espaço. Para citar alguns: WinDirStat ou Tamanho da Árvore Livre .
Ambos são gratuitos e informam onde os arquivos estão ocupando espaço. São necessários direitos administrativos para obter uma leitura precisa, pois ela pode digitalizar dentro de pastas nas quais você não tem direitos, como pastas do Windows, pastas do sistema protegidas e contas de usuário que não são suas.
Depois de concluído, você verá que há 500 GB em uso e verá onde ele está localizado.