O proxy SOCKS é proxy no nível do aplicativo. Há configurações em NetworkManager
no Ubuntu, onde você pode definir o endereço e a porta do SOCKS (provavelmente haverá algumas configurações de rede no Windows), semelhante ao Firefox, mas cabe aos outros aplicativos se eles respeitar a configuração de proxy de todo o sistema ou não. Eles podem simplesmente "ir para fora" para a internet diretamente. Acredito que a maioria dos aplicativos mais simples irá ignorá-lo.
Se você quiser criptografar all o tráfego ponto-a-ponto, você deve procurar por VPN. Há também uma VPN básica no openssh, mas a configuração da VPN é sobre a extensão dessa resposta.