Não
"This server is using windows server 2012 R2 Standard and runs a VB.net application, and other software that I might not be aware of."
Então ... você não sabe o que está acontecendo onde.
I am almost sure that xampp or wamp edits the hosts file in windows directory, and I am not sure if there is other files also edited or created for it to run.
Eu suspeito que ela seja contida, mas mais uma vez, não é suficiente para informações.
I want to know if it is safe to install a Lamp stack, and if something breaks, would a uninstall of the lamp stack revert all changes to its original state?
Do que você disse? Provavelmente não.
the bigger picture is that I want to create prototype of the vb.net app in php. And without having a working prototype, my proposal to switch to different programming language would not even be looked at. So I would like to do this under the radar.
impressionante. Deixe-me salvar seu emprego. Não
Obtenha um host de VM instalado no controle de hardware você e não derrubará o que parece ser um recurso importante da empresa e desenvolva seu protótipo. Não misture desenvolvimento e produção.