Se você abrir várias guias, é normal que o navegador avise que você vai deixar vários sites e não apenas um. Eu prefiro achar essa funcionalidade importante e útil. É o comportamento padrão que eu pessoalmente aconselho que você use.
O navegador não oferece opções através de sua GUI para alcançar o que você está procurando. No passado, um recurso extra chamado Chrome ToolBox é usado para isso; no entanto, não é mais suportado pelo Chrome:
We no longer provide this extension because most features were made in NPAPI and NPAPI is no longer supported in Chrome.
Existem algumas extensões alternativas , mas nenhuma delas (AFAIK) permitem que você feche todas as guias em um único clique.