GUI
Dependendo de qual versão do Ubuntu você tem,
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Antes de 13.04
No Nautilus, vá para este menu:
Editar → Preferências
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13.04 e posterior
No Nautilus, vá para este menu:
Arquivos → Preferências
Então,
na guia "Comportamento", ative "Executar arquivos de texto executáveis com eles abertos"
Linha de comando
Se você preferir um comando:
dconf write /org/gnome/nautilus/preferences/executable-text-activation "'launch'"
Nota: Tanto a interface gráfica quanto a linha de comando funcionam apenas para o Nautilus (o gerenciador de arquivos gráficos padrão no Ubuntu)