A melhor prática é fazer backup de seus arquivos de qualquer maneira, mas sim, você pode fazer uma compilação de reparo com o Windows 7, que não removerá seus arquivos.
Uma nova instalação colocará todos os seus arquivos e pastas em uma pasta na sua unidade c, onde você poderá obtê-los após a instalação. Então, eles ainda estarão lá, mas todos em subpastas de uma pasta, em vez de em seus documentos, área de trabalho, etc ... Não faça uma instalação que formate sua unidade.