link Parece que é possível usar o script jsfl. Esta questão provavelmente era mais adequada para o Stackoverflow
Eu escrevi um script jsfl para converter e extrair sons em lote: link
Como posso converter em lote filmes Flash em projetos de tela HTML5 (e publicá-los)?
Usando o Flash CC 2015
O Google tem um produto chamado Swiffy que converte arquivos SWF em HTML5. Eu não usei isso sozinho, então não posso comentar sobre a sua eficácia. Pode ser possível usar a API para criar um processador em lote.
O Stack Overflow tem uma tag google-swiffy .