Isso soa como um aviso sendo impresso pelo aplicativo brew, mas o bash não está ciente de um erro. Se o bash o vê como um erro, depende se o aplicativo o envia ao fluxo de erros ou ao fluxo de saída e qual é o código de saída. Como você está obtendo OK retornado do seu script, o bash acha que o comando está retornando 0, o que significa que o comando bash foi executado com êxito. Portanto, brew deve enviar avisos desse tipo para stdout, em vez de stderr.
Você está ciente de como usar 2 > redirecionar o stderr para um arquivo? Você pode redirecionar stderr (2) e stdout ao executar seu script para dois arquivos diferentes. Então você pode ver em qual fluxo o aviso é impresso.
./script.sh > stdout.txt 2> stderr.txt