Da página do manual:
-d Delete characters in string1 from the input.
Você não está dando nenhuma entrada, mas os caracteres a serem excluídos, por isso está em um Modo REPL (leia-eval – print loop) . Tente isso para que você possa entender:
tr -d e
Em seguida, escreva test
pressione enter e você receberá tst
.
Você pode usar da seguinte maneira:
echo "test" | tr -d e
E você receberá tst
e voltará ao prompt